Проточная ячейка для секвенирования PromethION Flow Cell (R10.4.1), 4 шт, арт. FLO-PRO114M, Oxford Nanopore Technologies

Описание

Проточная ячейка для секвенирования PromethION Flow Cell (R10.4.1), 4 шт,
арт. FLO-PRO114M, Oxford Nanopore Technologies

Комплект содержит 4 ячейки для секвенатора PromethION производства Oxford Nanopore Technologies. Проточная кювета PromethION (R10.4.1) — это расходный материал, используемый с устройствами PromethION 2 Solo, P24 и P48. Она содержит запатентованную матрицу датчиков, интегральную схему специального назначения (ASIC) и нанопоры R10. Серия нанопор R10 подходит для экспериментов, где требуется высокая точность. В сочетании с химическим составом Kit 14 R10.4.1 генерирует данные с точностью выше 99%.

Принцип работы:
Пользователь добавляет подготовленную библиотеку в проточную кювету, устанавливает световой экран и начинает эксперимент по секвенированию. Данные накапливаются с течением времени по мере секвенирования ДНК или РНК с помощью нанопор. Отдельные файлы чтения генерируются и сразу же доступны для анализа. Поскольку данные передаются в режиме реального времени, пользователь может остановить прогон, как только будет собрано достаточно данных. Проточная ячейка содержит буфер, оптимальный для работы в течение примерно 72 часов.

Хранение:

• Проточные кюветы можно хранить в закрытом виде при комнатной температуре в течение одного месяца.
• Проточные кюветы можно хранить в закрытом виде при температуре 2–8°C в течение 12 недель.

Совместимость:

• Ligation Sequencing Kit V14 (SQK-LSK114)
• Ligation Sequencing Kit XL V14 (SQK-LSK114-XL)
• Rapid Sequencing Kit V14 (SQK-RAD114)
• Rapid Barcoding Kit 24 V14 (SQK-RBK114.24)
• Rapid Barcoding Kit 96 V14 (SQK-RBK114.96)
• Native Barcoding Kit 24 V14 (SQK-NBD114.24)
• Native Barcoding Kit 96 V14 (SQK-NBD114.96)
• Ultra-Long Sequencing Kit V14 (SQK-ULK114)
• PCR Expansion (EXP-PCA001)
• PCR Barcoding Expansion 1-12 (EXP-PBC001)
• PCR Barcoding Expansion 1-96 (EXP-PBC096)
• Rapid PCR Barcoding Kit 24 V14 (SQK-RPB114.24)
• Multiplex Ligation Sequencing Kit XL V14 (SQK-MLK114.96-XL)

Другие характеристики:

• Количество одновременно используемых каналов в одной проточной ячейке: 2675
• Максимальное количество пор в одной проточной ячейке: 10700
• Объем наносимого образца на ячейку: не более 150 мкл
• Количество анализируемой ДНК, полученной без применения ПЦР: не более 1 мкг
• Минимальное время секвенирования: не менее 1 минуты
• Среднее время секвенирования: 72 часа
• Максимальное время секвенирования: не ограничено
• Время выхода первых данных с момента старта: не более 5 минут
• Максимальная длина одного прочтения: не менее 4 млн пар оснований
• Максимальная производительность одной проточной ячейки: не менее 290 млрд пар оснований

Перед проведением эксперимента необходимо с помощью программного обеспечения провести проверку количества пор на ячейке (Flow Cell QC). Это не требует внесения каких-либо реагентов и не влияет на общий срок годности ячейки. Количество данных секвенирования, получаемых с помощью одной ячейки, зависит от типа эксперимента, количества рабочих пор в момент запуска, количества библиотеки и длины фрагментов нуклеиновых кислот.

Устройство:
PromethION (R10.4.1) состоит из тех же двух основных систем: проточной и детектирующей, которые расположены одна над другой. Соответственно, все ручные манипуляции с ячейкой осуществляются в ее верхней части, а сам процесс секвенирования происходит в нижней части. 

Проточная система предназначена для внесения в ячейку буферных растворов для прайминга (промывки ячейки и активации пор) и библиотек, а также удаления отходов.
Основные элементы проточной системы:

• Порт для прайминга и внесения исследуемых образцов (закрыт крышкой),
• Два порта для удаления отходов,
• Отсек для сбора отходов,
• Клапаны,
• Камера над сенсорной мембраной с нанопорами.

Детектирующая система представлена двумя основными компонентами: сенсорной матрицей и интегральной микросхемой (ASIC).
Сенсорная матрица, в свою очередь состоит из мембраны с отверстиями, с одной стороны которых закреплены нанопоры, а с другой – платиновые электроды.

Нанопора ячейки представляет собой модифицированную молекулу липопротеина CsgG E.coli, способную пропускать через себя молекулы нуклеиновых кислот. Отверстия мембраны устроены таким образом, чтобы надежно удерживать 9 субъединиц этой белковой структуры.

При изготовлении ячейки нанопоры закрепляют на сенсорной мембране путем подачи напряжения. Уровень напряжения подобран таким образом, чтобы итоговое количество нанопор в каждой ячейке составляло около 12 000 штук (теоретический максимум).

Общие характеристики