Набор для прямого секвенирования РНК Direct RNA Sequencing Kit (6 реакций), арт. SQK-RNA002, Oxford Nanopore Technologies

Описание

Набор для прямого секвенирования РНК Direct RNA Sequencing Kit (6 реакций),
арт. SQK-RNA002, Oxford Nanopore Technologies

Набор для прямого секвенирования РНК (SQK-RNA002) используется для подготовки любой РНК с 3’-полиА-хвостом для одномерного секвенирования на устройствах Oxford Nanopore. Возможная входная РНК включает эукариотическую мРНК, вирусную РНК с полиА-хвостом или любую РНК, полученную с помощью набора с полиА-хвостом. Для РНК без полиА-хвоста пользователи могут создать свой собственный адаптер для лигирования определенной 3’-концевой последовательности, такой как 3’-тРНК или 16S рРНК. Пробоподготовка с использованием набора не требует амплификации кДНК. Минимальное количество РНК, необходимое для проведения пробоподготовки с использованием набора, составляет не более 500 нг.

В отличие от протоколов секвенирования кДНК, которые используются для подготовки кДНК-копий РНК для секвенирования, набор Direct RNA используется для подготовки самой РНК к секвенированию. При прямом секвенировании РНК только нативная РНК проходит через датчик нанопор, поэтому длина считывания отражает длину молекул РНК в образце. Протокол прямого секвенирования РНК содержит необязательный (но рекомендуемый) этап обратной транскрипции, и хотя цепь кДНК, созданная на этом этапе, не секвенируется, это значительно улучшает результаты секвенирования.

Схема эксперимента:


В состав набора входит:

Реагент	Сокращение	Цвет  крышки	Количество  пробирок	Суммарный   объем  (мкл)
Адаптер ОТ	RTA	Синий	1	10
Смесь РНК адаптеров	RMX	Зеленый	1	45
РНК калибровочная цепь	RCS	Желтый	1	25
Буфер для промывки	WSB	Оранжевый	2	1200
Элюирующий буфер	ELB	Черный	1	300
Буфер для запуска (загрузки)	RRB	Красный	1	600
Flush буфер*	FB	Синий	6	1170
Flush Tether*	FLT	Фиолетовый	1	200

* входят в комплект для заливки проточной кюветы

Характеристики:

Время подготовки	105 минут
Входная РНК	500 нг тотальной РНК или 50 нг полиА-РНК
Протоколы	• Direct RNA sequencing - control experiment (SQK-RNA002) • Direct RNA sequencing (SQK-RNA002) • Direct RNA sequencing - sequence-specific (SQK-RNA002)
Размер	6 реакций
Стабильность	Транспортировка 2–8°C Длительное хранение -20°C Срок годности - 3 месяца

Общие характеристики